Проверка центра занятости Консультация #1086

На вредное производство нельзя принимать инвалидов, верно. И расчет квотируемых мест производится без учета этих "вредных" мест.  Может быть, у вас квота меньше? 
Размер квоты установлен в процентах к среднесписочной численности сотрудников организации и может составлять:

• не менее 2, но не более 4 процентов для организаций с численностью персонала более 100 человек; 
• не более 3 процентов для организаций с численностью персонала от 35 до 100 человек включительно. 

При исчислении квоты в среднесписочную численность работников не включают сотрудников, условия труда которых отнесены к вредным или опасным условиям труда по результатам спецоценки или бывшей аттестации рабочих мест.
Таким образом, если в организации количество работников с оптимальными или допустимыми условиями труда не превышает 35 человек, то соблюдать квоту нет необходимости. При превышении этого количества, квоту следует рассчитывать именно от числа работников с оптимальными или допустимыми условиями труда. Это подтверждается судебной практикой (Определение Томского областного суда от 03.04.2015 № 33-894/2015, Определение Хабаровского краевого суда от 20.05.2016 № 33-3575/2016).

Ну, тогда вам придется учесть мнение этих специалистов и создать хотя бы 1 квотируемое место для инвалида.