#16241 Необнуляемая сумма меньше, чем поступила на расчетный счет

На будущее - такие долги, раз вы пробиваете чеки, принимать только наличкой. А лучше не пробивать чеки, пока долг не возвращен.
Сейчас у вас ситуация такая, что выход только один - вернуть деньги клиенту на карту, и затем чтобы он принес наличку в счет долга.

Необнуляемая сумма - сейчас необязательный реквизит, который не передается в ИФНС. Вы его через настройки ККТ можете скрыть, чтобы и в чеках он не отражался.

По чекам?

Чеков тоже должно быть на эту сумму. ИФНС же не сверяет, сколько денег по факту у вас в кассе (по банку может проверить). Она считает, что раз пробили чеков на 50000, столько и должно быть в кассе и на расчетном счете. Вы это подтверждаете КУДиР. И при этом в чеках есть указание - наличный или безналичный расчет, поэтому можно понять, сколько именно денег пришло в кассу или на счет. 
В вашей ситуации нестыковка в том, что чеки вы пробили с оплатой наличкой, а деньги пришли по безналу.

Другие цифры здесь почему то. Писали про 45000 и 5000.

Вы вариант с возвратом денег клиенту не рассматриваете? Вы возвращаете деньги по заявлению как ошибочно проведенный платеж, а человек вам наличкой деньги отдает. Вы же эти деньги по кассе уже провели, они у вас в необнуляемой сумме должны отразиться, а в наличном виде их нет.
Вы же чек пробили как наличный расчет? Значит, они у вас в наличном виде должны быть. Если попытаться как-то подтянуть эту безналичную оплату долга к тем чекам, возникнет вопрос - почему даты у них разные.

Вы идете на уступки и получаете проблему, за которую могут оштрафовать.
Последующая оплата (кредит) - это когда товары передаются в рассрочку.

Вам тогда нужно по идее во внутренней документации где-то прописать порядок, что вы предоставляете рассрочку без процентов. И почитайте побольше про последующую оплату, перед тем как вводить ее. Ведь недостаточно просто пробить такой чек, его потом нужно еще закрыть, иначе кредит копиться будет. Такие чеки в КУДиР не должны попадать, поскольку по факту дохода нет. А когда чек будет закрываться, тогда в КУДиР будет попадать. Нужно дополнительно отслеживать, какие чеки закрылись (деньги по ним получены), а какие - нет.