Налоговики утверждают, что ИП не подавал заявление на упрощенку при регистрации. Консультация #302

Индивидуальный предприниматель зарегистрировался в августе 2015 года. В момент регистрации подал заявление о переходе на УСН (доходы). В апреле 2018 года ему приходит письмо о том, что декларация за 2017 год подана неправильно, так как у него общая система налогообложения. При этом декларации по УСН за 2015 и 2016 год сдавались им лично, были приняты инспектором. После чего ему выдавали сверку и говорили, что всё у него хорошо. Также дважды он получал требования по штрафам по УСН, тк немного не доплатил.

Ни уведомления, ни копии его заявления о переходе на УСН у него нет. Заявления ему готовила девушка, занимающаяся регистрацией ИП и ЮЛ, но в частном порядке , не через фирму. На словах она подтвердила, что заявление было. Он написал письмо о розыске бумаги в архиве. Вчера по телефону получил ответ, что заявления у них нет, и совет сдать за три года декларации как на ОСНО и доплатить налоги. Сумма получается огромная.  Какие письма писать в налоговую? И если он сделает, как они предлагают, можно ли в декларацию вписать неподтвержденные расходы? Так как их много, но их не учитывали.