Авансовый платеж за 9 мес. с разными ставками Консультация #15813

Если уведомления не подавали ни разу, значит, вы не перешли на единый налоговый платеж. Вопрос был именно про единый платеж, а не единый налоговый счет (он открыт всем автоматически).
Сейчас переплаты не будет видно, потому что все деньги, которые уплачивали как аванс по УСН, списывались для погашения обязанности, которая появлялась в связи с передачей платежных поручений в ИФНС.
Ваши деньги по авансам сейчас распределены на КБК по УСН. Затем вы сдадите декларацию, суммы по ней также отразятся на этом КБК. Представьте схему - с одной стороны у вас оплата УСН, с другой стороны у вас обязанность по УСН. Разница между ними - это и будет ваша переплата. Ее налоговики увидят, когда декларация будет сдана. И ее вы сможете по заявлению зачесть в счет уплаты будущих платежей или вернуть на счет.
Сейчас невозможно вернуть по той причине, что декларация по УСН не сдается за кварталы. Элементарно невозможно представить документ, что вы должны были меньше заплатить (имеется в виду не закон, а ваш расчетный документ). Не получится документально показать налоговикам, что вы должны были, к примеру, заплатить 10 000, а не 100 000. 
Дополнительно вы можете проконсультироваться в вашей ИФНС.