Ежегодный отпуск полностью через 6 месяцев Консультация #3988

Законом не предусмотрено, что работодатель предоставляет отпуск только за фактически отработанное время. В ст. 122 ТК сказано, что право на отпуск появляется по истечении 6 месяцев работы у работодателя:

Право на использование отпуска за первый год работы возникает у работника по истечении шести месяцев его непрерывной работы у данного работодателя. По соглашению сторон оплачиваемый отпуск работнику может быть предоставлен и до истечения шести месяцев.

Обратите внимание на второе предложение - отпуск может быть предоставлен даже до истечения 6 месяцев, если работодатель не против.
Бухгалтер стоит на своей позиции потому, что в случае, если сотрудник решит уволиться, отпускные нужно будет удерживать. А там может и зарплаты не хватить, и там ограничения есть, и в суд если что подавать. Подстраховывается бухгалтер, чтобы проблемы не решать. 
Вы посмотрите в локальной документации, что у вас принята в компании. Может, там есть особенности предоставления отпускного периода.

п. 9 - сказано про матпомощь и единовременную выплату. Не совсем понятно, что это за единовременная выплата, но она не относится к отпускам. Это, скорее всего, как помощь тоже или разовая выплата.
п. 11 - сказано тоже про матпомощь и про единовременную выплату, и причем для конкретных сотрудниц - уходящих в декрет или вышедших из него.
Эти пункты не относятся к отпуску, ни слова не сказано про отпуск. Эти выплаты могут выплачивать и без отпуска. Они не связаны между собой.
Для решения вопроса есть такие варианты - можно обратиться в вышестоящую вашу организацию или финансовый центр (как это у вас правильно называется), вы же госорганизация, над вами должен кто-то быть. Другой вариант - задать вопрос в трудовую инспекцию, но есть риск, что начнутся проверки.