Оплата труда сотруднику в командировке Консультация #4630

Нет, не верно.
Сотрудник наравне с другими работниками выполняет трудовые обязанности. Вы не можете не заплатить ему зарплату за первую половину месяца - это нарушение.
Аванс можете рассчитывать на основании среднего заработка, как будет рассчитываться командировка. Некоторые работодатели рассчитывают аванс на общих основаниях, а потом начисляют по среднему заработку. При первом варианте меньше погрешность и меньше вероятности переплатить.
Если программа не считает аванс из-за командировки, нужно или перенастраивать программу, или вручную посчитать сумму аванса.