#5465 Как писать приказ на работника, работающего на 0,5 ставки, об исполнении обязанностей временно отсутствующего сотрудника?

Вы в приказе на доплату не указываете время работы. Просто указываете - доплата сотруднику в размере 50% от оклада временно отсутствующего работника. Или также можно другой процент, и от оклада самого работника. 
Вам нужно только рассчитать процент доплаты так, чтобы она была примерно за половину рабочего времени этого сотрудника. Потому что если установить из расчета за полный день, трудовая инспекция может заинтересоваться, как это так - работник успевает сделать не только свою работу, но и полностью работу по другой должности. Значит, неверно рассчитана нагрузка по должностям.