#1559 Дополнительное соглашение к трудовому договору

В ст.  261 Трудового кодекса написано:

• В случае истечения срочного трудового договора в период беременности женщины работодатель обязан по ее письменному заявлению и при предоставлении медицинской справки, подтверждающей состояние беременности, продлить срок действия трудового договора до окончания беременности, а при предоставлении ей в установленном порядке отпуска по беременности и родам - до окончания такого отпуска;
  
• Допускается увольнение женщины в связи с истечением срока трудового договора в период ее беременности, если трудовой договор был заключен на время исполнения обязанностей отсутствующего работника и невозможно с письменного согласия женщины перевести ее до окончания беременности на другую имеющуюся у работодателя работу (как вакантную должность или работу, соответствующую квалификации женщины, так и вакантную нижестоящую должность или нижеоплачиваемую работу), которую женщина может выполнять с учетом ее состояния здоровья. 
  

Исходя из этого, получается, что по второму пункту вы опоздали. А по первому пункту, если временный сотрудник в отпуске по БиР, то продлить срок до окончания этого отпуска. В этом случае в допсоглашении нужно написать, что срок срочного трудового договора изменен до....(ставите дату окончания больничного листа).
Она у вас в отпуске по БиР или вы уже ее в отпуск по уходу за ребенком отправили?

Тогда тоже ориентируемся на эту статью. Вы можете уволить временную сотрудницу, которая в отпуске до 1,5 лет, если основной сотрудник вышел из отпуска. В последнем пункте статьи указано, что нельзя увольнять сотрудницу, имеющую ребенка в возрасте до 3-х лет, именно по инициативе работодателя.
Увольнение по истечении срока договора - это увольнение не по инициативе работодателя (ст. 81 ТК). Основание прекращения трудового договора согласно ч. 2 п. 1 ст. 77, а также ст. 79 ТК - именно истечение срока трудового договора.
Но если вы все же не хотите увольнять сотрудницу, то нужно решать вопрос как-то по-другому. Дело в том, что если основной сотрудник должен выйти, то вы либо увольняете временного, либо переводите его на другую вакантную должность. Потому что просто продлить срок на этой же должности не можете, ведь основной сотрудник вышел, и должность занята.