Можно ли совмещать патент и УСН для двух магазинов? Консультация #4934

Тогда совмещать не получится. Должны быть указанные различия.

Хотя подождите, есть конкретное письмо ФНС от 05.04.2013 № 03-11-10/11254 именно по розничной торговле. Там как раз описывается именно ваша ситуация:

Если ИП имеет магазин (магазины) с площадью торгового зала не более 50 кв. метров и получил патент на розничную торговлю, осуществляемую через объекты стационарной торговой сети с площадью торгового зала не более 50 кв. метров, а также имеет иной магазин (магазины) с площадью торгового зала свыше 50 кв. метров, но не более 150 кв. метров, он вправе в отношении розничной торговли через этот магазин (магазины) перейти на ... упрощенную систему налогообложения ... Если указанный индивидуальный предприниматель имеет также магазин (магазины) с площадью торгового зала свыше 150 кв. метров, он вправе в отношении розничной торговли через этот магазин (магазины) применять упрощенную систему налогообложения ... и совмещать один из них с патентной системой налогообложения.

Получается у вас один магазин должен быть меньше 50 кв., а второй до 150 или больше. Второй у вас такой, а первый?